Военно - морска болница – Варна е създадена м.02.1948 г. на база на медицинския пункт на VІІІ-ми пехотен приморски полк. В началото съществува като клон на ІV-та девизионна болница – Шумен с две отделения – Хирургично и терапевтично.

Първи началник на болницата е полк. Д-р Атанас Иванов Липов. От 1949 г. се създава самостоятелна гарнизионна болница подчинена под командването на ВМС, която през 1951 г. се преименува във Военноморски госпитал – Варна и към него се създава и поликлиника. През 1952 г. – болницата се премества в сградата в бившия френски колеж. Освен съществуващите хирургическото и терапевтично отделение се разкриват и очно, ушно-носно-гърлено, неврологично, кожно-венерологично, физиотерапевтично и рентгеново отделения; стоматологичен кабинет и аптека. През 1953 г. се разкрива клинична лаборатория към болницата, а от 1954 г. тя се преименува на Военноморска болница – Варна. Създават се фтизиатричен кабинет 1957 г. и детски кабинет – 1960 г. През 1974 г. – щатно се оформя отделения за анестезия, реанимация и интензивна терапия, а по-късно се разкрива функционален и психиатричен кабинет.

На 08.08.1982 г. е направена първата копка на нова сграда, в която болницата се настанява през 1987 г. През същата година се разкрива Клиника по термична травма и пластична хирургия, а през 1988 г. – Отделения по лицево-челюстна хирургия.

В съответствие с Указа за създаване на ВМА от 1989 г. Военноморска болница – Варна влиза в състава на Военно медицинска академия. Създават се клиника по интензивно лечение на острите отравявания /1990 г./; Клиника по хипербарна терапия и морска физиология /1992 г./; Отделение по неврохирургия; Отделение по гинекология 2002 г. От 2005г. към Отделението по физиотерапия и рехабилитационна медицина е открит модерен възстановителен център.

В съответствие със Закона за лечебни заведения от 2001г. Военноморска болница – Варна е Болнична база за активно лечение.